Joueur de football américain accompli dans son lycée de l’Idaho, il découvre l’art et les musées lors de visites à sa mère divorcée à New York.
Il fait des études de médecine et, diplômé de Yale en 1991, il débute dans le milieu de l’art par l’entremise de la galeriste Barbara Gladstone et connaît rapidement le succè. Il a vécu avec la chanteuse islandaise Björk, avec qui il a une fille, Isadora, née en 20021. Il vit et travaille à New York.
Matthew Barney est le lauréat du Prix Europa 2000 du meilleur jeune artiste (doté de 25 millions de lires) à la 45e Biennale de Venise en 1993. En 1996, il fut le premier bénéficiaire du Prix Hugo Boss, attribué par la fondation Guggenheim.
Ses premières œuvres s’inscrivent dans le droit-fil du body art et à partir de 1994, il fait appel à l’installation, au dessin, à la photographie, à la performance et à la vidéo.
Connu pour son cycle de cinq films, Cremaster réalisés de 1994 à 2002, dans lesquels il met en scène de manière surréaliste des danseuses, le Chrysler Building, des pilotes automobiles, etc., et s’interroge sur la non-différenciation des sexes, les cyborgs une humanité mutante. Ces cinq films sont prédominés par l’utilisation de matières malléables comme le plastique, la résine, la cire. Cremaster est le nom du muscle qui, contractant les testicules sous l’effet du froid ou de la peur, protège les spermatozoïdes des variations de température. Il faut noter que la numérotation des films ne suit pas l’ordre chronologique.
Sa dernière œuvre, intitulée Drawing Restraint 9, est sortie au printemps 2006. Matthew Barney et sa compagne, la chanteuse islandaise Björk, sont les deux acteurs principaux du film, se déroulant sur un baleinier au Japon. Björk en a également composé la bande originale.